É uma unidade especializada de controle e auditoria com o objetivo de garantir a transparência, a legalidade, a moralidade e a legitimidade na execução dos programas desenvolvidos no Conselho Nacional de Justiça.
Está subordinada à Presidência e tem como foco o acompanhamento dos programas de trabalho, contratos, convênios e as gestões: orçamentária, financeira, contábil, operacional, patrimonial e de pessoal do CNJ.
No exercício de sua missão institucional, a Secretaria exerce orientação e controle preventivos, desenvolvendo ações capazes de identificar impropriedades a tempo de contê-las, evitando erros ou desperdícios e priorizando a análise da qualidade dos gastos.