Observamos que conforme a função determinados advérbios podem ser conjuntivos e assim interrogativos. Ortograficamente, o advérbio interrogativo de causa traz os elementos separados, tanto nas orações interrogativas diretas (Por que você não vai?) quanto nas indiretas (Quero saber por que você não vai).
Quando ocorre no fim do período ou separado, traz o acento circunflexo (Você não vai, por quê?)
Não confundir o advérbio interrogativo por que com o por que de frases como: A razão por que (pela qual) procedi; O caminho por que (pelo qual) devo Passar. Com a função de relativo, o que sempre se separa do por (preposição).
Fonte: ALMEIDA, Napoleão Mendes de. Gramática Metódica da Língua Portuguesa. 44. ed. – São Paulo: Saraiva, 1999.